Srovnání DNA profilů u psů ISAG 2006 vs. ISAG 2020

DNA profily u psů patří mezi základní nástroje pro identifikaci plemene, ověření původu a pochopení genetických markerů. Mezi hlavní aplikace a vlastnosti genetického profilování DNA patří:

1. jednoznačně identifikovat psa

2. nemění se v průběhu života

3. lze identifikovat i zvíře bez nebo nefunkčního mikročipu

4. ověření rodičovství (paternity, maternity)

5. ověření „clear“ po rodičích

Pro testování DNA profilů se využívají dvě metodiky: ISAG 2006, který využívá krátké tandemové repetice (STR), a novější ISAG 2020, který využívá jednonukleotidové polymorfismy (SNP). Tento článek přináší stručné srovnání obou metod a objasňuje, proč je stále více upřednostňována novější metoda ISAG 2020.

ISAG 2006: Profilování na základě STR

Metoda ISAG 2006 využívá přibližně 21 STR markerů. STR neboli krátké tandemové repetice jsou krátké sekvence DNA, které se po sobě několikrát opakují. U psů je tuto metodu možné použít např. pro:

1. Identifikace zvířat: DNA profil slouží jako jedinečný otisk DNA každého zvířete.
2. Ověření rodičovství: STR jsou vysoce polymorfní, což umožňuje potvrdit otcovství nebo mateřství.

Limitace metody ISAG 2006:

1. Omezená genetická informace: S pouhými 21 STR markery je prostor pro komplexní genetickou analýzu omezený.
2. Omezení ověření rodičovství: V některých případech je k určení otcovství vyžadován také profil DNA matky.

ISAG 2020: Profilování na základě SNP

Metoda ISAG 2020 zahrnuje hodnocení přibližně 220 markerů SNP. SNP neboli jednonukleotidové polymorfismy jsou varianty v DNA na úrovni jednotlivých DNA bazí v DNA. Pro genetické profilování nabízejí řadu výhod:

1. Vyšší rozlišení: Vzhledem k většímu počtu markerů poskytují SNP podrobnější genetický profil.
2. Stabilnější: SNP jsou obecně stabilnější než STR markery, což vede k menšímu počtu mutací, a tedy ke konzistentnějším výsledkům.
3. Široké použití: SNP lze použít k identifikaci rodičovství, plemene, ověření sourozenců, odhadu heterozygotnosti.

Výhody metody ISAG 2020:

1. Komplexní analýza: Díky desetkrát většímu počtu markerů nabízí ISAG 2020 širší genetický přehled.
2. Přesnější: Stabilita SNP zajišťuje vyšší míru přesnosti.
3. Budoucnost: S rozvojem oboru genomiky je díky husté škále SNP markerů zajištěna relevance metody pro různé aplikace.
4. Pokročilejší funkce analýzy: ISAG 2020 umožňuje posouzení heterozygotnosti, potvrzení sourozenců a může umožnit potvrzení dalších příbuzenských vztahů (např. babička – vnuk).

Zatímco metoda ISAG 2006 dobře sloužila komunitě chovatelů a účelům genetického testování psů, metoda ISAG 2020 se je komplexnější a perspektivnější. Rozsah dat, které poskytuje 220 markerů SNP, spolu s jejich stabilitou a širokou použitelností činí metodu ISAG 2020 vhodnější pro ty, kteří hledají co nejpřesnější a nejhlubší genetické poznatky o svých psech.

Očekává se, že metoda ISAG 2020 se v blízké budoucnosti stane standardem pro DNA profilování psů.

Protože metody ISAG 2006 a 2020 nejsou kompatibilní, nemohou chovatelé porovnávat formáty ISAG 2006 a 2020.

Z výše uvedených důvodů se chovatelům doporučuje používat novější DNA profil dle ISAG 2020.

Autor

Mgr. Miroslav Horňák, Ph.D.

Miroslav vystudoval v roce 2004 obor Molekulární biologie a genetika na Masarykově univerzitě v Brně a poté získal titul Ph.D. studiem doktorského programu Obecná a molekulární genetika. Byl dlouholetým pracovníkem Výzkumného ústavu veterinárního lékařství v Brně.